Спершу університет був побудований під резиденцію митрополитів. Проектуванням займався чеський архітектор Йосип Главка, випускник віденської академії красних мистецтв. Для зведення стін резиденції спеціально відкрили кілька заводів з виробництва необхідних матеріалів, а також школи підвищення кваліфікації для будівельників. Робота почалася в 1863 (1864) році й була закінчена через 18 років.
В період Великої Вітчизняної війни, будівлі дуже постраждали від пожежі й у 1956 році були реконструйовані, після чого і стали університетом. А в 1989 році вищому навчальному закладу було присвоєно ім’я українського письменника Юрія Федьковича.
Досить незвичним є розташування на території університету церкви. Студенти її часто відвідують, особливо під час сесії.
З 2011 року Чернівецький державний університет імені Юрія Федьковича був визнаний світовою спадщиною ЮНЕСКО.
За матеріалами сайту castles